.dcm格式文件软件读取及python处理详解

Python  /  管理员 发布于 7年前   265

要处理一些.DCM格式的焊接缺陷图像，需要读取和显示.dcm格式的图像。通过搜集资料收集到一些医学影像，并通过pydicom模块查看.dcm格式文件。

若要查看dcm格式文件，可下Echo viewer 进行查看。

若用过pycharm进行处理，可选用如下的代码：

# -*-coding:utf-8-*-import cv2import numpyimport dicomfrom matplotlib import pyplot as pltdcm = dicom.read_file("dcm")dcm.image = dcm.pixel_array * dcm.RescaleSlope + dcm.RescaleInterceptslices = []slices.append(dcm)img = slices[int(len(slices) / 2)].image.copy()ret, img = cv2.threshold(img, 90, 3071, cv2.THRESH_BINARY)img = numpy.uint8(img)im2, contours, _ = cv2.findContours(img, cv2.RETR_LIST, cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)mask = numpy.zeros(img.shape, numpy.uint8)for contour in contours:  cv2.fillPoly(mask, [contour], 255)img[(mask > 0)] = 255kernel = cv2.getStructuringElement(cv2.MORPH_ELLIPSE, (2, 2))img = cv2.morphologyEx(img, cv2.MORPH_OPEN, kernel)img2 = slices[int(len(slices) / 2)].image.copy()img2[(img == 0)] = -2000plt.figure(figsize=(12, 12))plt.subplot(131)plt.imshow(slices[int(len(slices) / 2)].image, 'gray')plt.title('Original')plt.subplot(132)plt.imshow(img, 'gray')plt.title('Mask')plt.subplot(133)plt.imshow(img2, 'gray')plt.title('Result')plt.show()

也可用如下代码：

import pydicomimport osimport numpyfrom matplotlib import pyplot, cm# 用lstFilesDCM作为存放DICOM files的列表PathDicom = "dicom/2" #与python文件同一个目录下的文件夹lstFilesDCM = []for dirName,subdirList,fileList in os.walk(PathDicom):  for filename in fileList:    if ".dcm" in filename.lower(): #判断文件是否为dicom文件      print(filename)      lstFilesDCM.append(os.path.join(dirName,filename)) # 加入到列表中## 将第一张图片作为参考图RefDs = pydicom.read_file(lstFilesDCM[0])  #读取第一张dicom图片# 建立三维数组ConstPixelDims = (int(RefDs.Rows),int(RefDs.Columns),len(lstFilesDCM)) # 得到spacing值 (mm为单位)ConstPixelSpacing = (float(RefDs.PixelSpacing[0]), float(RefDs.PixelSpacing[1]), float(RefDs.SliceThickness))# 三维数据x = numpy.arange(0.0, (ConstPixelDims[0]+1)*ConstPixelSpacing[0], ConstPixelSpacing[0]) # 0到（第一个维数加一*像素间的间隔），步长为constpixelSpacingy = numpy.arange(0.0, (ConstPixelDims[1]+1)*ConstPixelSpacing[1], ConstPixelSpacing[1]) #z = numpy.arange(0.0, (ConstPixelDims[2]+1)*ConstPixelSpacing[2], ConstPixelSpacing[2]) #ArrayDicom = numpy.zeros(ConstPixelDims, dtype=RefDs.pixel_array.dtype)for filenameDCM in lstFilesDCM:  ds = pydicom.read_file(filenameDCM)  ArrayDicom[:, :, lstFilesDCM.index(filenameDCM)] = ds.pixel_array # 轴状面显示  pyplot.figure(dpi=300)  pyplot.axes().set_aspect('equal', 'datalim')  pyplot.set_cmap(pyplot.gray())  pyplot.pcolormesh(x, y, numpy.flipud(ArrayDicom[:, :, 2])) # 第三个维度表示现在展示的是第几层  pyplot.show()

这两个代码都是可以进行读取的。但是不知道为什么在焊接检测中的dcm图像却无法进行读取。

以上这篇.dcm格式文件软件读取及python处理详解就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考，也希望大家多多支持。