python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)

Python  /  管理员 发布于 8年前   323

1. 用SimpleITK读取dicom序列：

import SimpleITK as sitkimport numpy as npimg_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\original\\1'mask_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1' reader = sitk.ImageSeriesReader()img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path)reader.SetFileNames(img_names)image = reader.Execute()image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # z, y, x reader = sitk.ImageSeriesReader()mask_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(mask_path)reader.SetFileNames(mask_names)mask = reader.Execute()mask_array = sitk.GetArrayFromImage(mask) # z, y, x

2. 用dicom读取单张dicom图像并显示：

import dicom import pylab   ds=dicom.read_file("F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1\\FILE0001_seg.dcm")  pixel_bytes = ds.PixelData  ##CT值组成了一个矩阵 pix = ds.pixel_array  ##读取显示图片 pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone) pylab.show() 如果要对dicom图像中的像素值进行修改，继续执行以下代码：##修改图片中的元素，不能直接使用data_array,需要转换成PixelData for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300   if val < 300:     ds.pixel_array.flat[n]=0 ds.PixelData = ds.pixel_array.tostring() ds.save_as("newfilename.dcm") 

3. 此外，用pydicom也可读取dicom图像

以上这篇python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考，也希望大家多多支持。