Ubuntu+python将nii图像保存成png格式

linux  /  管理员 发布于 4年前   219

这里介绍一个nii文件保存为png格式的方法。

这篇文章是介绍多个nii文件保存为png格式的方法：

https:///article/165692.htm

系统：Ubuntu 16.04

软件： python 3.5

先用pip安装nibabel、numpy、imageio、os。

import nibabel as nibimport numpy as npimport imageioimport os def read_niifile(niifile):   #读取niifile文件 img = nib.load(niifile)   #下载niifile文件（其实是提取文件） img_fdata = img.get_fdata()  #获取niifile数据 return img_fdata def save_fig(file):     #保存为图片 fdata = read_niifile(file)  #调用上面的函数，获得数据 (x,y,z) = fdata.shape   #获得数据shape信息：（长，宽，维度-切片数量） for k in range(z):  silce = fdata[k,:,:]   #三个位置表示三个不同角度的切片  imageio.imwrite(os.path.join(savepicdir,'{}.png'.format(k)),silce)          #将切片信息保存为png格式 dir = './.nii'      #nii的路径savepicdir = ''      #保存png的路径os.mkdir(savepicdir)     #创建文件夹save_fig(dir)      #运行程序，保存为图像

不要忘记返回img_fdata，否则下一个文件会报错。

以上就是本文的全部内容，希望对大家的学习有所帮助，也希望大家多多支持。