python对DICOM图像的读取方法详解

Python  /  管理员 发布于 7年前   486

DICOM介绍

DICOM3.0图像，由医学影像设备产生标准医学影像图像，DICOM被广泛应用于放射医疗，心血管成像以及放射诊疗诊断设备（X射线，CT，核磁共振，超声等），并且在眼科和牙科等其它医学领域得到越来越深入广泛的应用。在数以万计的在用医学成像设备中，DICOM是部署最为广泛的医疗信息标准之一。当前大约有百亿级符合DICOM标准的医学图像用于临床使用。

看似神秘的图像文件，究竟是如何读取呢？网上随便 一搜，都有很多方法，但缺乏比较系统的使用方法，下文综合百度资料，结合python2.7，讲解如何读取及使用DICOM图像。

读取DICOM图像，需要以下几个库：pydicom、CV2、numpy、matplotlib。pydicom专门处理dicom图像的python专用包，numpy高效处理科学计算的包，依据数据绘图的库。

安装：

pip install matplotlib

pip install opencv-python #opencv的安装，小度上基本都是要下载包，安装包后把包复制到某个文件夹下，#后来我在https://pypi.python.org/pypi/opencv-python找到这种pip的安装方法，亲测可用

pip install pydicom

pip install numpy

如果没有记错，安装pydicom时，也会自动把numpy安装上。

安装好这些库后，就可以对dicom文件操作。

具体看下面代码：

#-*-coding:utf-8-*-import cv2import numpyimport dicomfrom matplotlib import pyplot as pltdcm = dicom.read_file("AT0001_100225002.DCM")dcm.image = dcm.pixel_array * dcm.RescaleSlope + dcm.RescaleInterceptslices = []slices.append(dcm)img = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy()ret,img = cv2.threshold(img, 90,3071, cv2.THRESH_BINARY)img = numpy.uint8(img)im2, contours, _ = cv2.findContours(img,cv2.RETR_LIST,cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)mask = numpy.zeros(img.shape, numpy.uint8)for contour in contours: cv2.fillPoly(mask, [contour], 255)img[(mask > 0)] = 255kernel = cv2.getStructuringElement(cv2.MORPH_ELLIPSE,(2,2))img = cv2.morphologyEx(img, cv2.MORPH_OPEN, kernel)img2 = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy()img2[(img == 0)] = -2000plt.figure(figsize=(12, 12))plt.subplot(131)plt.imshow(slices[int(len(slices) / 2)].image, 'gray')plt.title('Original')plt.subplot(132)plt.imshow(img, 'gray')plt.title('Mask')plt.subplot(133)plt.imshow(img2, 'gray')plt.title('Result')plt.show()

在DICOM图像里，包含了患者的相关信息的字典，我们可以通过dir查看DICOM文件有什么信息，可以通过字典返回相关的值。

import dicomimport jsondef loadFileInformation(filename): information = {} ds = dicom.read_file(filename) information['PatientID'] = ds.PatientID information['PatientName'] = ds.PatientName information['PatientBirthDate'] = ds.PatientBirthDate information['PatientSex'] = ds.PatientSex information['StudyID'] = ds.StudyID information['StudyDate'] = ds.StudyDate information['StudyTime'] = ds.StudyTime information['InstitutionName'] = ds.InstitutionName information['Manufacturer'] = ds.Manufacturer print dir(ds) print type(information) return informationa=loadFileInformation('AT0001_100225002.DCM')print a

总结

以上就是这篇文章的全部内容，希望本文的内容对大家的学习或者工作能带来一定的帮助，如果有疑问大家可以留言交流，谢谢大家的支持。