python 提取文件指定列的方法示例

Python  /  管理员 发布于 7年前   200

之前用featureCount 处理得到结果，要提出第一列gene_id 和 readcount 列，首先软件输出的第一行默认是你使用的命令行，没有用，用bash批量删掉。

for i in `ls`;do sed -i '1d' $i;done

删除当前文件夹下所有文件第一行。

其实提出两列很简单，不过我受够了每次一个文件执行一次的烦。想搞成别的程序调用时命令行参数直接就行。第一次知道sys.argv这玩意，学到了。

我设置了 -i 输入，-o 输出 这两个参数来判断输入输出文件个数，不过对于错误命令行输入的判断还很欠缺，毕竟只有自己用。

上代码：

import sysleng=len(sys.argv)for i in range(leng): # index the input file and output file location,maybe it's too complex if sys.argv[i]=="-i": it=i if sys.argv[i]=="-o": out=ifor i in range(it+1,out): # input file number(there should have same # of in and out file) print(sys.argv[i]) file=open(sys.argv[i],'r') f=open(sys.argv[i+out-it],'w') count=[] for lines in file.readlines(): two=[] lines=lines.rstrip('\n') b=lines.split('\t') two.append(b[0]) if(b[6].startswith('.')): #chage path to count,some output problem  b[6]="count" two.append(b[6]) s='\t'.join(two) f.write(s+'\n') f.close

其实python里面 str 和list 弄的还是昏头昏脑的，每次都要错了再改。

以上就是本文的全部内容，希望对大家的学习有所帮助，也希望大家多多支持。