Python Matplotlib 基于networkx画关系网络图

Python  /  管理员 发布于 7年前   270

前言

昨天才开始接触，鼓捣了一个下午，接下来会持续更新，如果哪里有错误的地方，望各位大佬指出，谢谢！

数据描述

两个文件，一个文件包含了网络图的节点，节点存在类别（0，1，2，3）四类，但是0类别舍去，不画出；另一个文件包含了网络图的边，数据基本特征如下：

             

图1中，id表示节点，b是类别；图2中，两个数字表示边连接的两个点。

Networkx

安装

我的系统是Mac OS，直接在terminal输入sudo pip install networkx就可以安装，由于代码中涉及几个函数，在python3中会报错，我用python2.7.13实现的

基本使用方法

import networkx as nx          #导入networkx包import matplotlib.pyplot as plt   #导入绘图包matplotlib（需要安装，方法见第一篇笔记）G =nx.random_graphs.barabasi_albert_graph(100,1)  #生成一个BA无标度网络Gnx.draw(G) #绘制网络Gplt.savefig("ba.png")      #输出方式1: 将图像存为一个png格式的图片文件plt.show()  #输出方式2: 在窗口中显示这幅图像

参数介绍基本

- `node_size`: 指定节点的尺寸大小(默认是300，单位未知，就是上图中那么大的点)
- `node_color`: 指定节点的颜色 (默认是红色，可以用字符串简单标识颜色，例如'r'为红色，'b'为绿色等，具体可查看手册)
- `node_shape`: 节点的形状（默认是圆形，用字符串'o'标识，具体可查看手册）
- `alpha`: 透明度 (默认是1.0，不透明，0为完全透明)
- `width`: 边的宽度 (默认为1.0)
- `edge_color`: 边的颜色(默认为黑色)
- `style`: 边的样式(默认为实现，可选： solid|dashed|dotted,dashdot)
- `with_labels`: 节点是否带标签（默认为True）
- `font_size`: 节点标签字体大小 (默认为12)
- `font_color`: 节点标签字体颜色（默认为黑色）

布局

• circular_layout：节点在一个圆环上均匀分布
• random_layout：节点随机分布
• shell_layout：节点在同心圆上分布
• spring_layout： 用Fruchterman-Reingold算法排列节点
• spectral_layout：根据图的拉普拉斯特征向量排列节点

代码

# coding:utf-8  import networkx as nx import matplotlib.pyplot as pltimport csv with open('node-8.csv','rb') as csvfile:reader = csv.DictReader(csvfile)column = [row['b'] for row in reader]id_tag0 = [row['id'] for row in reader]#print columnid_tag = []for item in id_tag0:id_tag.append(int(item)) # =================Setting node parameters====================node_0 = []node_1 = []node_2 = []node_3 = []node_color = []node_color_y = []node_color_r = []node_color_g = []node_color_b = []node_shape = []node_shape_0 = []node_shape_1 = []node_shape_2 = []node_shape_3 = [] for i in range(len(column)):if int(column[i]) == 0:passelif int(column[i]) == 1:color = 'r'shape = 'o'node_1.append(i)node_color_r.append(color)node_shape_1.append(shape)elif int(column[i]) == 2:color = 'g'shape = 'o'node_2.append(i)node_color_g.append(color)node_shape_2.append(shape)else:color = 'b'shape = '*'node_3.append(i)node_color_b.append(color)node_shape_3.append(shape)node_color.append(color)node_shape.append(shape)# ==============================================================  with open('node-8.csv','rb') as csvfile:reader = csv.DictReader(csvfile)column1 = [row['b'] for row in reader]id_tag1 = [row['id'] for row in reader]#print columnid_tag11 = []for item in id_tag1:id_tag11.append(int(item))   edge = []with open('edge-8.txt','r') as f: data = f.readlines() for line in data:#print lineline = tuple(line.replace('\r','').replace('\n','').replace('\t','').split(','))edge.append(line)#print edge # ===============Setting edge parameters=========================edge_color = []edge_style = [] for item in edge:#print itemif int(column1[int(item[0])]) == 0 or int(column1[int(item[1])]) == 0:passelif int(column1[int(item[0])]) == 1 or int(column1[int(item[1])]) == 1:color = 'r'#style0 = 'dashdot'#color_r_list.append(color)elif int(column1[int(item[0])]) == 2 or int(column1[int(item[1])]) == 2:color = 'g'#style0 = 'dashed'#color_r_list.append(color)else:color = 'b'#style0 = 'dotted'#color_b_list.append(color)edge_color.append(color)#edge_style.append(style0)  G = nx.Graph()#G.add_nodes_from(id_tag)G.add_edges_from(edge) #nx.draw(G,pos=nx.random_layout(G), nodelist = node_0, node_color = node_color_y, node_size=120, node_shape=node_shape_0)#nx.draw(G,pos=nx.random_layout(G), nodelist = node_1, node_color = node_color_r, node_size=120, node_shape=node_shape_1)#nx.draw(G,pos=nx.random_layout(G), nodelist = node_2, node_color = node_color_g, node_size=120, node_shape=node_shape_2)#nx.draw(G,pos=nx.random_layout(G), nodelist = node_3, node_color = node_color_b, node_size=120, node_shape=node_shape_3) nx.draw_networkx(G,pos=nx.random_layout(G),node_color=node_color,node_size=10,node_shape='o',edge_color=edge_color,width=0.3,style='solid',font_size=8) #nx.draw_networkx(G,pos=nx.random_layout(G),nodelist = node_1,node_color=node_color,node_size=100,node_shape='o',style='dashdot') #nx.draw_networkx(G,pos=nx.random_layout(G),node_color=color_g_list,node_size=150,node_shape='^',style='dashed') #nx.draw_networkx(G,pos=nx.random_layout(G),node_color=color_b_list,node_size=150,node_shape='*',style='dotted')  #plt.legend()#nx.draw_networkx(G)plt.show()

画图

以上就是本文的全部内容，希望对大家的学习有所帮助，也希望大家多多支持。